O Departamento é constituído pelas seguintes unidades funcionais:

I – Administração e Logística

Secretaria do Departamento

Secretaria da Pós-Graduação em Botânica

II – Laboratórios de pesquisa

Laboratório de Análise e Síntese em Biodiversidade

Laboratório de Botânica Estrutural

Laboratório de Ecologia Vegetal

Laboratório de Ficologia

Laboratório de Fisiologia Vegetal

Laboratório de Liquenologia

Laboratório de Macropropagação

Laboratório de Micropropagação Vegetal

Laboratório de Morfologia e Ecologia Funcional

Laboratório de Sistemática de Plantas Vasculares

Laboratório de Sistemática e Ecologia Molecular

Laboratório Multiusuário de Biologia Molecular

Laboratório Oikos

Casas de Vegetação I (Micropropagação), II (Orquidário), III (Casa de Vegetação Mista) e IV (Casa de Vegetação CT-Infra)

Laboratório de Ecologia Funcional de Comunidades

Laboratório de Interações e Biologia Reprodutiva

III – Herbário UPCB

IV – Área didática

Laboratórios de apoio didático I (sala 409) e II (sala 410)

Laboratórios de aulas práticas I (sala 398), II (sala 401), III (sala 403), IV (sala 407) e V (sala 411), VI (sala 427)

Salas de aula I (sala 406), II (sala 421), III (sala 426)

V – Gabinetes dos professores